晋安区地处福州盆地的北面和东北面，地势东北高西南低。鹫峰山第三支脉由西北部入境，向东南部展布，成阶梯状下降：第一层级为北部中山山区，有日溪、寿山2个乡和宦溪镇；第二层级为低山丘陵地带，散布在北部山区的前沿，有新店、鼓山、岳峰3个镇的靠山地区；第三层级为平原区，包括上述3个镇的主要区域和茶园、王庄、象园3个街道。境内主要山峰有北面的麒麟山、牛场山和东面的鼓山。最高山峰麒麟山位于日溪乡与寿山乡交界处，海拔1129.3米；最低处为鼓山镇六一村，海拔1.2米。